Я использую Ubuntu 16.04 [сейчас 17.04: см. Примечание, выделенное жирным шрифтом ниже] и R 3.4.1. Я установил последнюю сегодня утром, так что предполагаю, что это последняя версия. Я хочу установить Tidyverse, с которым я провел много счастливых часов под Windows. Но когда я делаю install.packages("tidyverse"), я получаю ошибки о нераспознанных параметрах командной строки для gcc. Они начинаются, когда установка попадает в пакеты цветов и munsell. Я покажу пример в конце этого поста, только для munsell.
Я не нашел никого, у кого была бы именно такая проблема на Ubuntu 16.04. Но сообщения от людей с похожими проблемами предполагают, что мой gcc может быть слишком старой версией, чтобы распознавать параметры -fstack-protector-strong и -Wdate-time.
Возможные обходные пути, о которых я подумал:
1) Обновите Ubuntu до 16.10 или 17.04 в надежде, что у одного из них есть подходящий gcc. Однако здесь я сталкиваюсь с недостатком опыта в Ubuntu: в частности, похоже, что мне нужно дважды обновиться, один раз до 16.10, а затем еще раз до 17.04. Я даже не могу обновить систему до 16.10: шаги, рекомендованные на https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes, «Обновление с Ubuntu 16.04 LTS», я не нахожу обновлений, когда пробую их. Кроме того, я не знаю наверняка, будет ли у кого-то из этих Убунту правильный gcc.
Добавлено на следующий день: Хотя мои попытки обновить Ubuntu, следуя https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes ничего не сделали вчера, они работали сегодня. Может проблема с кешированием? Итак, теперь у меня Ubuntu 17.04. Однако при установке Tidyverse я все еще получаю те же ошибки.
2) Найдите старую версию Tidyverse, для которой не требуются эти параметры компилятора.
3) Обновите мой Ubuntu gcc. Но я не знаю, уничтожит ли это другое программное обеспечение на моей машине, которое ожидает более старый gcc.
4) Установите новый gcc только для Tidyverse и как-нибудь поиграйте с путями, чтобы обмануть установщика и заставить его вызвать его, возможно, следуя совету в https://askubuntu.com/questions/466651/how-do-i-use-the-latest-gcc-on-ubuntu. Но это звучит рискованно.
5) Отбросьте Ubuntu и делайте всю мою работу в Windows. Я знаю, что люди высмеивают "Micro $ oft", но, по крайней мере, с Windows я не трачу утро на арканы Linux и могу выполнять свою работу, а именно R. Это слишком похоже на священников с их заклинаниями в https://people.dsv.su.se/~jpalme/s1/hoare.pdf, «Дизайн программного обеспечения: притча». Просто говорю...
Есть предложения от кого-то, кто действительно делал это с этими версиями R и Ubuntu?
Вот установка, которая не удалась:
`> install.packages("munsell")
Installing package into ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘colorspace’
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/colorspace_1.3-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 293433 bytes (286 KB)
==================================================
downloaded 286 KB
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/munsell_0.4.3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 97244 bytes (94 KB)
==================================================
downloaded 94 KB
* installing *source* package ‘colorspace’ ...
** package ‘colorspace’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c colorspace.c -o colorspace.o
gcc: error: unrecognized command line option '-fstack-protector-strong'
gcc: error: unrecognized command line option '-Wdate-time'
/usr/lib/R/etc/Makeconf:159: recipe for target 'colorspace.o' failed
make: *** [colorspace.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘colorspace’
* removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace’
Warning in install.packages :
installation of package ‘colorspace’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘colorspace’ is not available for package ‘munsell’
* removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/munsell’
Warning in install.packages :
installation of package ‘munsell’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpQ8FW70/downloaded_packages’
Warning message:
R graphics engine version 12 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed.
