Ввод строки подключения в файле конфигурации (как показано в официальном примере: https://github.com/Azure-Samples/iot-edge-samples/blob/master/js/simple/gw.cloud.config.json#L38) кажется неправильным.
Переменные среды могут быть предоставлены модулям с помощью Edge Runtime (https://github.com/MicrosoftDocs/azure-docs/blob/master/articles/iot-edge/iot-edge-runtime.md) но насколько я могу судить нет возможности изменить его поведение.