Добавление рисунков и таблиц после библиографии в Rmarkdown

Вместо того, чтобы пытаться включать что-то в after_body, вам лучше просто изменить положение библиографии в документе. Как объясняется в этом ответе, вы можете выбрать, где будет отображаться библиография, используя <div id="refs"></div>.

Во-вторых, вы можете использовать bookdown, чтобы легко добавлять приложения в документ. Использование заголовка # (APPENDIX) Appendix {-} изменит все следующие номера секций с цифр на буквы. Взгляните на книгу с описанием книги

Используется в полном примере:

---
title: "Untitled"
output: bookdown::pdf_document2
references:
- id: fenner2012a
  title: One-click science marketing
  author:
  - family: Fenner
    given: Martin
  container-title: Nature Materials
  volume: 11
  URL: 'http://dx.doi.org/10.1038/nmat3283'
  DOI: 10.1038/nmat3283
  issue: 4
  publisher: Nature Publishing Group
  page: 261-263
  type: article-journal
  issued:
    year: 2012
    month: 3
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(magrittr)
```

# Introduction

Here is a citation [@fenner2012a]

# References {-}

<div id="refs"></div>

\newpage 

# (APPENDIX) Appendix {-}

# Appendix A

Here is your table

```{r table, fig.pos="H"}
knitr::kable(mtcars[1:5, 1:5], caption = "A table") %>%
  kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position")
```

Примечание. это будет работать, только если вы используете встроенный пакет цитирования pandoc, и не будет работать, если вы установите citation_package: natbib в YAML