Я запускаю snakemake в кластере SGE, и у меня возникают проблемы с отправкой заданий, связанных с активацией среды conda. Задания запускаются, и я получаю сообщение «Активация среды conda». Но затем они продолжают работать вечно, ничего не делая и без сообщений об ошибках.
Envs правильно активируются на узлах входа в систему, поэтому я думаю, что проблема в qsub. Я попытался использовать параметр -V, как предложено здесь Использование среды Conda в SnakeMake на проблеме кластера SGE, но, похоже, у меня это не работает.
Вот что я использую для отправки:
snakemake -j 2 --use-conda --cluster-config cluster.json --cluster "{cluster.qsub} -l virtual_free={cluster.ram},h_rt={cluster.time},disk={cluster.disk} -q {cluster.queue}" --keep-going --latency-wait 100
И это конфигурации в моем файле cluster.json:
{
"__default__" :
{
"qsub" : "qsub -cwd -V -o logs/{rule}.{wildcards}.$$.out -e logs/{rule}.{wildcards}.$$.out",
"ram" : "4G",
"time" : "01:00:00",
"disk" : "2G",
"queue" : "short-sl7"
}
}
Дело в том, что отправленные задания работают нормально, когда активация среды не требуется.
Есть ли у кого-нибудь предложения?
.snakemake/conda/$hash
и посмотреть, сколько времени это займет? - person JohnnyBD   schedule 20.11.2018