Я рисую grouped dotplot
с помощью ggplot2, который отлично работает . Но если я использую stat_compare_means
из пакета ggpubr
, чтобы добавить p-value s, это не сработает. Когда я использую compare_means
вне среды построения графиков, он работает нормально, и я получаю правильный p-values
с набором данных (используя compare_means(X1 ~ X5, data=titer_lung, method="t.test"
).
Я использую следующие данные:
> titer_lung
X1 X2 X3 X4 X5
1 4.531479 NK mutIRFE_FB Lunge group1
2 4.068186 NK mutIRFE_FB Lunge group1
3 4.071882 NK mutIRFE_FB Lunge group1
4 4.117271 NK mutIRFE_FB Lunge group1
5 4.117271 NK mutIRFE_FB Lunge group1
6 4.462398 -NK mutIRFE_FB Lunge group2
7 4.643453 -NK mutIRFE_FB Lunge group2
8 4.556303 -NK mutIRFE_FB Lunge group2
9 4.724276 -NK mutIRFE_FB Lunge group2
10 4.491362 -NK mutIRFE_FB Lunge group2
11 3.903090 NK mutIRFErev_FB Lunge group3
12 4.342423 NK mutIRFErev_FB Lunge group3
13 4.113943 NK mutIRFErev_FB Lunge group3
14 4.653213 NK mutIRFErev_FB Lunge group3
15 4.230449 NK mutIRFErev_FB Lunge group3
16 4.556303 -NK mutIRFErev_FB Lunge group4
17 4.462398 -NK mutIRFErev_FB Lunge group4
18 4.230449 -NK mutIRFErev_FB Lunge group4
19 NA -NK mutIRFErev_FB Lunge group4
20 4.591065 -NK mutIRFErev_FB Lunge group4
21 4.230449 NK d3IDE mutIRFE Lunge group5
22 4.531479 NK d3IDE mutIRFE Lunge group5
23 4.812913 NK d3IDE mutIRFE Lunge group5
24 4.544068 NK d3IDE mutIRFE Lunge group5
25 4.342423 NK d3IDE mutIRFE Lunge group5
26 4.380211 -NK d3IDE mutIRFE Lunge group6
27 4.698970 -NK d3IDE mutIRFE Lunge group6
28 4.716003 -NK d3IDE mutIRFE Lunge group6
29 4.477121 -NK d3IDE mutIRFE Lunge group6
30 4.740363 -NK d3IDE mutIRFE Lunge group6
31 4.255273 NK d3IDE mutIRFErev Lunge group7
32 4.322219 NK d3IDE mutIRFErev Lunge group7
33 4.113943 NK d3IDE mutIRFErev Lunge group7
34 4.176091 NK d3IDE mutIRFErev Lunge group7
35 4.518514 NK d3IDE mutIRFErev Lunge group7
36 4.724276 -NK d3IDE mutIRFErev Lunge group8
37 4.462398 -NK d3IDE mutIRFErev Lunge group8
38 4.785330 -NK d3IDE mutIRFErev Lunge group8
39 4.431364 -NK d3IDE mutIRFErev Lunge group8
40 4.826075 -NK d3IDE mutIRFErev Lunge group8
И, используя следующий код, я получаю искомый сюжет:
titer_plot <- ggplot(titer_lung, aes(y=titer_lung$X1, x=titer_lung$X3,
fill=titer_lung$X2)) +
geom_dotplot(aes(fill = titer_lung$X2, color = titer_lung$X2),
trim = FALSE,
binaxis='y', stackdir='center', dotsize = 0.8,
position = position_dodge(0.8)
)+
stat_summary(fun.y = median, fun.ymin = median, fun.ymax = median,
geom = "crossbar", width = 0.5, position = position_dodge(0.8)) +
scale_fill_manual(values = c("black", "white"))+
scale_color_manual(values = c("black", "black"))+
xlab("")+
ylab(expression('Viral titer/organ [log '[10]*']'))+
theme_classic()+
theme(text = element_text(size=10),
axis.text.x = element_text(size=10, angle = 90, hjust=1),
axis.text.y = element_text(size=10),
axis.title.y = element_text(size=10), legend.text = element_text(size=10),
legend.title=element_blank())+
titer_plot
Когда я хочу сравнить group1 с group2 и group3 с group4, я пишу:
my_comparisons <- list(c("group1","group2"),c("group3","group4"))
titer_plot + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons, label.y=0,
method = "t.test")
Но затем я получаю следующую ошибку:
Удалена 1 строка, содержащая не конечные значения (stat_signif).
Ошибка вычисления вstat_signif()
: отсутствует значение, где требуется TRUE / FALSE
Думаю, со значениями NA
проблем быть не должно, поскольку compare_means
тоже не беспокоит.
Я очень доволен любой помощью, спасибо !!!
titer_plot
до предоставленного вами образца кода? Какие данные содержитmy_comparisons
? Не могли бы вы предоставить код таким образом, чтобы мы могли воспроизвести вашу ошибку? - person 7hibault   schedule 14.12.2018titer_lung
. my_comparisons содержит, как я уже сказал,my_comparisons <- list(c("group1","group2"),c("group3","group4"))
. Таким образом, он должен сравнить первые 5 записей titer_lung со вторыми 5 записями, а затем записи 11-15 с 16-20 - person Guacamole   schedule 14.12.2018