Правило Snakemake для записи нового текстового файла из входных переменных (синтаксис Snakemake)

У меня есть полностью функциональный рабочий процесс Snakemake, но я хотел бы добавить правило, в котором входные переменные записываются как новые строки во вновь созданном текстовом файле вывода. Чтобы кратко подвести итог, я включил соответствующий код ниже:

OUTPUTDIR = config["outputDIR"] 
SAMPLEID = list(SAMPLE_TABLE.Sample_Name)
# Above 2 lines are functional in other parts of script.

rule all:
  input:
    manifest = OUTPUTDIR + "/manifest.txt"

rule write_manifest:
  input:
    sampleid = SAMPLEID,
    loc_r1 = expand("{base}/trimmed/{sample}_1.trimmed.fastq.gz", base = OUTPUTDIR, sample = SAMPLELIST),
    loc_r2 = expand("{base}/trimmed/{sample}_2.trimmed.fastq.gz", base = OUTPUTDIR, sample = SAMPLELIST)
  output:
    OUTPUTDIR + "/manifest.txt"
  shell:
    """
    echo "{input.sampleid},{input.loc_r1},forward" >> {output}
    echo "{input.sampleid},{input.loc_r2},reverse" >> {output}
    """

Моя проблема в том, что Snakemake читает файлы, и мне нужно, чтобы он напечатал путь к файлу или идентификатор образца, который он обнаруживает. Помогите с синтаксисом?

Желаемый выходной файл должен выглядеть так:

depth1,$PWD/raw_seqs_dir/Test01_full_L001_R1_001.fastq.gz,forward
depth1,$PWD/raw_seqs_dir/Test01_full_L001_R2_001.fastq.gz,reverse
depth2,$PWD/raw_seqs_dir/Test02_full_L001_R1_001.fastq.gz,forward
depth2,$PWD/raw_seqs_dir/Test02_full_L001_R2_001.fastq.gz,reverse

Пытаюсь написать это с помощью эха.

Сообщение об ошибке:

Building DAG of jobs...
MissingInputException in [write_manifest]:
Missing input files for rule write_manifest:
sample1
sample2
sample3

ОБНОВЛЕНИЕ: добавив sampleid в params:

rule write_manifest:
  input:
    loc_r1 = expand("{base}/trimmed/{sample}_{suf}_1.trimmed.fastq.gz", base = SCRATCHDIR, sample = SAMPLE$
    loc_r2 = expand("{base}/trimmed/{sample}_{suf}_2.trimmed.fastq.gz", base = SCRATCHDIR, sample = SAMPLE$
  output:
    OUTPUTDIR + "/manifest.txt"
  params:
    sampleid = SAMPLEID
  shell:
    """
    echo "{params.sampleid},{input.loc_r1},forward" >> {output}
    echo "{params.sampleid},{input.loc_r2},reverse" >> {output}
    """

Мой вывод выглядел так (что неверно)

sample1 sample2 sample3,$PWD/tmp/dir/sample1.fastq $PWD/tmp/dir/sample2.fastq $PWD/tmp/dir/sample3.fastq,forward
sample1 sample2 sample3,$PWD/tmp/dir/sample1.fastq $PWD/tmp/dir/sample2.fastq $PWD/tmp/dir/sample3.fastq,reverse

Это все еще не то, что я хочу, мне нужно, чтобы он выглядел так, как показано ниже. Могу я написать так, чтобы Snakemake перебирал каждый сэмпл / ввод / параметры? Желаемый выходной файл должен выглядеть так:

depth1,$PWD/raw_seqs_dir/Test01_full_L001_R1_001.fastq.gz,forward
depth1,$PWD/raw_seqs_dir/Test01_full_L001_R2_001.fastq.gz,reverse
depth2,$PWD/raw_seqs_dir/Test02_full_L001_R1_001.fastq.gz,forward
depth2,$PWD/raw_seqs_dir/Test02_full_L001_R2_001.fastq.gz,reverse