Я пытаюсь построить кривые выживания для нескольких переменных, связанных с переменным полом, с помощью функции ggsurvplot_facet(). Когда я применяю свой код к одной подогнанной модели, он работает нормально. Однако, когда я пытаюсь использовать один и тот же код в функции или в цикле for, он не может построить все кривые выживания, которые должны быть построены, и возвращает ошибку. Я бы выполнил это построение в самой ggsurvplot_facet(), если бы он допускал в качестве входных данных список элементов survfit, точно так же, как это делает ggsurvplot(), но ggsurvplot_facet() позволяет использовать только один элемент survfit за раз.
Я запускаю свой код в RStudio на MacBook Pro 2018 года с Mac OS High Sierra.
Рассмотрим следующий набор данных: http://s000.tinyupload.com/index.php?file_id=01704535336107726906
Он содержит наблюдения за несколькими визитами для 100 субъектов и 4 различных переменных. Две переменные (переменная1 и переменная2) могут иметь два разных значения (0 или 1), а две другие переменные (переменная3 и переменная4) могут иметь три разных значения (0, 1 или 2).
Я начал работать с теми, которые могут иметь два разных значения, и написал следующий код:
# Load libraries
require(mgcv)
require(msm)
library(dplyr)
library(grDevices)
library(survival)
library(survminer)
# Set working directory
dirname<-dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path)
setwd(dirname)
load("ggsurvplot_facet_error.rda")
fit_test <- survfit(
Surv(follow_up, as.numeric(status)) ~ (sex + variable1), data = data)
plot_test <- ggsurvplot_facet(fit_test,
data = data,
pval = TRUE,
conf.int = TRUE,
surv.median.line = "hv", # Specify median survival
break.time.by = 1,
facet.by = "sex",
ggtheme = theme_bw(), # Change ggplot2 theme
palette = "aaas",
legend = "bottom",
xlab = "Time (years)",
ylab = "Death probability",
panel.labs = list(sex_recoded=c("Male", "Female")),
legend.labs = c("A", "B")
)
plot_test
Этот код отлично работает и генерирует следующий график:
Однако, когда я пытаюсь преобразовать этот код в функцию или цикл FOR, чтобы он применял один и тот же код к переменной1 и переменной2, я всегда получаю сообщение об ошибке с частью цвета/палитры на этапе построения графика.
# Variables_with_2_categories: variable1 and variable2
two <- c("variable1", "variable2")
## TEST #1: USING A FUNCTION
fit_plot_function <- function(x) {
# FIT part of the function
two.i <- two[i]
fit_temp <- survfit(Surv(as.numeric(follow_up), as.numeric(status)) ~
sex + eval(as.name(paste0(two.i))), data = data)
# PLOT part of the function
plot_temp <- ggsurvplot_facet(fit_temp,
data = data,
pval = TRUE,
conf.int = TRUE,
surv.median.line = "hv", # Specify median survival
break.time.by = 1,
facet.by = "sex",
ggtheme = theme_bw(), # Change ggplot2 theme
palette = "aaas",
legend = "bottom",
xlab = "Time (years)",
ylab = "Death probability",
panel.labs = list(sex_recoded=c("Male", "Female")),
legend.labs = rep(c("A", "B"),2)
)
}
fit_plot_function(two)
# Warning message:
# Now, to change color palette, use the argument palette=
# 'eval(as.name(paste0(two.i)))' instead of color = 'eval(as.name(paste0(two.i)))'
print(plot_temp)
# Error in grDevices::col2rgb(colour, TRUE) :
# invalid color name 'eval(as.name(paste0(two.i)))'
Похоже, когда он оценивает имена переменных, которые были проанализированы с помощью вектора, он не распознает имена переменных. С циклом FOR все происходит точно так же:
## TEST #2: USING A FOR LOOP
n.two <- length(two)
for(i in 1:n.two) {
two.i <- two[i]
fit_temp <- survfit(Surv(as.numeric(follow_up), as.numeric(status)) ~
(sex + eval(as.name(paste0(two.i)))), data = data)
plot_temp <- ggsurvplot_facet(fit_temp,
data = data,
pval = TRUE,
conf.int = TRUE,
surv.median.line = "hv", # Specify median survival
break.time.by = 1,
facet.by = "sex",
ggtheme = theme_bw(), # Change ggplot2 theme
palette = "aaas",
legend = "bottom",
xlab = "Time (years)",
ylab = "Death probability",
panel.labs = list(sex_recoded=c("Male", "Female")),
legend.labs = rep(c("A", "B"),2)
)
}
print(plot_temp)
# ERROR: Now, to change color palette, use the argument palette= 'eval(as.name(paste0(two.i)))'
# instead of color = 'eval(as.name(paste0(two.i)))
В качестве дополнительного комментария было бы здорово, если бы я мог применить один и тот же код к переменным, которые имеют оба, два или три разных значения одновременно, вместо того, чтобы применять разные функции для каждой из них.
Большое спасибо за Вашу помощь,
Наилучшие пожелания,
Ятросин
> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.6
Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] survminer_0.4.3.999 ggpubr_0.2 magrittr_1.5 ggplot2_3.1.1 survival_2.44-1.1
[6] dplyr_0.8.0.1 msm_1.6.7 mgcv_1.8-27 nlme_3.1-137
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 pillar_1.3.1 compiler_3.5.1 plyr_1.8.4 tools_3.5.1 digest_0.6.18
[7] tibble_2.1.1 gtable_0.3.0 lattice_0.20-38 pkgconfig_2.0.2 rlang_0.3.4 Matrix_1.2-17
[13] ggsci_2.9 rstudioapi_0.10 cmprsk_2.2-7 yaml_2.2.0 mvtnorm_1.0-10 expm_0.999-4
[19] xfun_0.6 gridExtra_2.3 knitr_1.22 withr_2.1.2 survMisc_0.5.5 generics_0.0.2
[25] grid_3.5.1 tidyselect_0.2.5 data.table_1.12.2 glue_1.3.1 KMsurv_0.1-5 R6_2.4.0
[31] km.ci_0.5-2 purrr_0.3.2 tidyr_0.8.3 scales_1.0.0 backports_1.1.4 splines_3.5.1
[37] assertthat_0.2.1 xtable_1.8-3 colorspace_1.4-1 labeling_0.3 lazyeval_0.2.2 munsell_0.5.0
[43] broom_0.5.2 crayon_1.3.4 zoo_1.8-5
