Использование индекса в ggboxplot

Я пытаюсь нанести некоторые данные, одна из моих экспериментальных групп называется SiO₂. Я загружаю таблицу данных в формате .txt, используя read.table, а затем меняю имена столбцов с помощью colnames()‹-.

colnames(cells_df2) <- c("ID","Ctrl","SiO\u2082","pSLG","fSLG")

Вот подмножество моих данных.

head(cells_df2)
ID     Ctrl  SiO2     pSLG     fSLG
1  1  5.68565  9.48 14.77580 33.04500
2  2  6.79996 32.00 14.35580 33.04500
3  3 21.77180  8.14 16.49780  7.61765
4  4 16.30750  8.14  1.87977  7.61765
5  5 11.16920 19.20  5.54189 28.47990
6  6 11.31430  8.26 15.59490 28.47990

Затем я gathered этого data.frame

Cells_tidy3<-gather(cells_df2,"group","ym",-ID)
  ID group       ym
1  1  Ctrl  5.68565
2  2  Ctrl  6.79996
3  3  Ctrl 21.77180
4  4  Ctrl 16.30750
5  5  Ctrl 11.16920
6  6  Ctrl 11.31430

Наконец я их рисую

ggboxplot(Cells_tidy3,"group","ym")

введите здесь описание изображения

Я пытался использовать пакеты expression, parse, stringi, но безрезультатно.

Если я попрошу capabilities()

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua    http/ftp 

TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE       FALSE`    TRUE 

sockets      libxml        fifo      cledit       iconv         NLS   profmem

TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

cairo         ICU long.double     libcurl 

TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

Затем я попробовал:

png()
ggplot(az, aes(x = "SiO\u2082", y = value)) + 
geom_boxplot() +
xlab("")
dev.off()

Что приводит к этому графику

введите здесь описание изображения


r ggpubr
person pietro esposito    schedule 07.12.2019    source источник
comment
Проверьте свои данные с помощью str(az), чтобы увидеть, был ли числовой столбец прочитан как числовой или как фактор.   -  person Rui Barradas    schedule 07.12.2019
comment
это результат data.frame': 4 obs. из 2 переменных: $ SiO2 : Коэффициент с 1 уровнем ciao: 1 1 1 1 $ value: int 1 2 3 4   -  person pietro esposito    schedule 07.12.2019
comment
Итак, вы строите ящичковую диаграмму (не гистограмму) фактора ciao только с одним уровнем, все его значения равны. Вот почему вы получаете этот сюжет.   -  person Rui Barradas    schedule 07.12.2019
comment
@RuiBarradas, если хотите, я могу использовать реальный набор данных вместо этого примера.   -  person pietro esposito    schedule 07.12.2019
comment
мой вопрос как получить SiO₂ вместо SiO□   -  person pietro esposito    schedule 07.12.2019
comment
Хорошо, извините, я неправильно понял, смотрите ответ.   -  person Rui Barradas    schedule 07.12.2019

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Следующие работы. Он использует ggplot, за которым следует geom_boxplot, а не ggpubr::ggboxplot.

library(ggplot2)

az <- subset(iris[5:4], Species == "virginica")
az[[1]] <- droplevels(az[[1]])
names(az) <-c("SiO\u2082","value")

ggplot(az, aes(x = "SiO\u2082", y = value)) + 
  geom_boxplot() +
  xlab("")

введите здесь описание изображения

С пакетом ggpubr проблема заключается в том, как вы gatherредактировали данные. Столбец "value" стал столбцом со значением предыдущего имени столбца в az, которое было "ciao".

library(tidyr)
library(ggpubr)

azz <- az %>% gather(group, key, -value)
ggboxplot(azz, x = "group", y = "value")

введите здесь описание изображения

person Rui Barradas    schedule 07.12.2019
comment
@pietroesposito Нет, не в качестве комментария, а в вопросе, пожалуйста. И посмотрите правку с ggpubr. - person Rui Barradas; 07.12.2019
comment
Если я использую ваши коды как с ggplot, так и с ggpubr, я получаю SiO□ - person pietro esposito; 07.12.2019
comment
@pietroesposito Как видите, оба графика правильно отображают нижний индекс, поэтому с вашей системой должно быть что-то. Что возвращает capabilities()? А если записать на устройство, скажем, png() перед графиком и dev.off() сразу после, что будет в графическом файле? - person Rui Barradas; 07.12.2019
comment
Я повторно редактирую свой вопрос с информацией, которую вы просили. - person pietro esposito; 08.12.2019
comment
@pietroesposito Кажется, это системная вещь. Попробуйте установить X11? Также посмотрите, могут ли помочь следующие сообщения: R-bloggers, SO 1 или 2. - person Rui Barradas; 08.12.2019
comment
К сожалению, мне не удалось установить X11, я искал в Интернете и ничего не нашел - person pietro esposito; 09.12.2019