Я получил ответ от команды поддержки JRebel. У JRebel очень хорошая поддержка, как и сказал mckszcz.
Это реле
Настоящий файл JAR не изменяется, поскольку JRebel не изменяет содержимое файла JAR, который находится на вашем удаленном сервере. Мы отслеживаем изменения, которые вы внесли в целевую папку, которая находится в IntelliJ, поэтому, чтобы сохранить ваши изменения навсегда, вы должны перестроить свой проект, прежде чем закрыть его, чтобы перезаписать содержимое реального файла JAR.