Есть ли способ получить ссылки на все активные в данный момент фрагменты в Activity?

Похоже, в настоящее время в API отсутствует такой метод, как "getFragments".
Однако с помощью события "onAttachFragment" класса Activity сделать то, что вы хотите, довольно просто. Я бы сделал что-то вроде:

List<WeakReference<Fragment>> fragList = new ArrayList<WeakReference<Fragment>>();
@Override
public void onAttachFragment (Fragment fragment) {
    fragList.add(new WeakReference(fragment));
}

public List<Fragment> getActiveFragments() {
    ArrayList<Fragment> ret = new ArrayList<Fragment>();
    for(WeakReference<Fragment> ref : fragList) {
        Fragment f = ref.get();
        if(f != null) {
            if(f.isVisible()) {
                ret.add(f);
            }
        }
    }
    return ret;
}

В случае, если нет готового метода для чтения состояния объекта (isActive() в примере), я бы переопределил onResume и onPause, чтобы установить флаг (может быть просто логическое поле).
Это уже какая-то собственная бухгалтерия, но все же очень ограниченный, на мой взгляд, учитывая довольно конкретную цель, которую вы хотите достичь (список, зависящий от статуса).

Если вы используете библиотеку поддержки Android, вы можете вызвать скрытый метод FragmentManager.getFragments():

public List<Fragment> getVisibleFragments() {
    List<Fragment> allFragments = getSupportFragmentManager().getFragments();
    if (allFragments == null || allFragments.isEmpty()) {
        return Collections.emptyList();
    }

    List<Fragment> visibleFragments = new ArrayList<Fragment>();
    for (Fragment fragment : allFragments) {
        if (fragment.isVisible()) {
            visibleFragments.add(fragment);
        }
    }
    return visibleFragments;
}

Другой способ сделать это — пометить фрагменты тегами, когда вы добавляете их в действие.

Например, если вы динамически добавляете 4 фрагмента, вы можете добавить их так:

for (int i = 0; i < NUM_FRAGMENTS; i++){
    MyFragment fragment = new Fragment(i);
    fragmentTransaction.add(R.id.containerId, fragment, SOME_CUSTOM_PREFIX + i).commit()
}

Затем, если вам нужно вернуть все фрагменты позже, вы можете сделать:

for (int i = 0; i < NUM_FRAGMENTS; i++) {
     String tag = SOME_CUSTOM_PREFIX + i;
     fragmentList.add((MyFragment) fragmentManager.findFragmentByTag(tag));
}

Я решил с этим:

public ArrayList<Fragment> getAllFragments() {
    ArrayList<Fragment> lista = new ArrayList<Fragment>();

    for (Fragment fragment : getSupportFragmentManager().getFragments()) {
        try {
            fragment.getTag();
            lista.add(fragment);
        } catch (NullPointerException e) {

        }
    }

    return lista;

}

android.support.v4.app.FragmentManager есть метод getFragments(), который делает именно то, что вам нужно, но он никогда не был доступен. Внезапно, однако, это так, но я не уверен, предназначено ли это, потому что он все еще помечен как скрытый.

/**
 * Get a list of all fragments that have been added to the fragment manager.
 *
 * @return The list of all fragments or null if none.
 * @hide
 */
public abstract List<Fragment> getFragments();

Обычный android.app.FragmentManager вообще не имеет этого метода, но если действительно нужно, вы можете получить доступ к тому же объекту, получив поле mActive через отражение (будьте осторожны: начиная с API 26, его тип — SparseArray вместо List). Используйте на свой страх и риск :)

Вот рекурсивное решение в Котлине. Учитывая самые верхние фрагменты действия, возвращает все дочерние фрагменты.

fun recursiveGetFragments(parents: List<Fragment>): List<Fragment> {
    val result = parents.toMutableList()
    for(root in parents) {
        if (root.isVisible) {
            result.addAll(recursiveGetFragments(root.childFragmentManager.fragments))
        }
    }
    return result
 }

Он используется как:

val fragmentList = recursiveGetFragments(supportFragmentManager.fragments)

мы можем использовать какой-то неправильный, но законный метод

    ArrayList<Fragment> getActiveFragments() {
        Fragment f;
        final ArrayList<Fragment> fragments = new ArrayList<>();
        int i = 0;
        try {
            while ((f = getFragmentManager().getFragment(new Intent().putExtra("anyvalue", i++).getExtras(), "anyvalue")) != null) {
                fragments.add(f);
            }
        } catch (IllegalStateException ex) {

        }
        return fragments;
    }