Я пытаюсь включить/связать библиотеку NetCDF C (https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/index.html) в мой проект C++/CUDA с помощью cmake. Хотя, похоже, у меня проблемы.
Я работаю в Windows 10 и установил библиотеки NetCDF C для Windows версии 4.7. Включение библиотек NetCDF вроде бы проходит без заминок, проблема на этапе линковки.
Мой код, использующий библиотеку NetCDF:
netcdf_writer.cpp
#ifndef __CUDACC__
//only actually include the NetCDF libraries if we aren't in CUDA
#include <netcdf.h>
#endif
void write_full_netcdf_file(string filename, Configuration cfg) {
int ncid, x_dimid;
int retval;
if ((retval = nc_create(filename.c_str(), NC_CLOBBER, &ncid))) {
ERR(retval);
}
/* Define the dimensions. NetCDF will hand back an ID for each. */
if ((retval = nc_def_dim(ncid, "x", cfg.nx, &x_dimid)))
ERR(retval);
}
Обратите внимание, что этот код соответствующим образом разделен на файлы заголовков/cpp, я просто объединил их здесь для простоты.
Усеченная версия моего файла CMakeLists.txt приведена ниже. Обратите внимание, что я использую FindNetCDF.cmake от VTK: https://github.com/Kitware/VTK/blob/master/CMake/FindNetCDF.cmake, чтобы выполнить поиск.
cmake_minimum_required(VERSION 3.8 FATAL_ERROR)
project(cmake_and_cuda LANGUAGES CXX CUDA)
list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH "${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/cmake")
include(CTest)
#add in all CUDA and C++ files along with their associated headers.
file(GLOB_RECURSE sources src/*.cu src/*.cpp)
file(GLOB_RECURSE headers "src/*.h" "src/*.hpp" "src/*.cuh")
find_package(NetCDF 4.7 REQUIRED)
INCLUDE_DIRECTORIES(${NetCDF_INCLUDE_DIRS})
set(LIBS ${LIBS} ${NetCDF_LIBRARIES})
set (Foo_INCLUDE_DIRS "")
foreach (_headerFile ${headers})
get_filename_component(_dir ${_headerFile} PATH)
list (APPEND Foo_INCLUDE_DIRS ${_dir})
endforeach()
list(REMOVE_DUPLICATES Foo_INCLUDE_DIRS)
set(CMAKE_CUDA_FLAGS "${CMAKE_CUDA_FLAGS} -g")
# We need to explicitly state that we need all CUDA files in the
# particle library to be built with -dc as the member functions
# could be called by other libraries and executables
add_executable(foo ${sources})
set_property(TARGET foo
PROPERTY CUDA_SEPARABLE_COMPILATION ON)
target_include_directories(foo PRIVATE ${Foo_INCLUDE_DIRS})
target_link_libraries(foo PRIVATE ${LIBS} )
target_link_libraries(foo PUBLIC NetCDF::NetCDF)
Когда я запускаю cmake, я получаю следующее:
CMake Error at CMakeLists.txt:45 (add_executable):
Target "foo" links to target "hdf5::hdf5-shared" but the target was not
found. Perhaps a find_package() call is missing for an IMPORTED target, or
an ALIAS target is missing?
CMake Error at CMakeLists.txt:45 (add_executable):
Target "foo" links to target "hdf5::hdf5_hl-shared" but the target was not
found. Perhaps a find_package() call is missing for an IMPORTED target, or
an ALIAS target is missing?
...
Что я пробовал:
- Я пытался явно включить/связать библиотеку HDF5 (хотя NetCDF уже должен это предоставить). Это приводит к той же ошибке.
- Я попытался явно связать две библиотеки HDF5:
target_link_libraries(mac PUBLIC hdf5::hdf5-shared hdf5::hdf5_hl-shared)
. Опять же, это приводит к той же ошибке.
${NetCDF_LIBRARIES}
? Вы можете распечатать это с помощьюmessage(${NetCDF_LIBRARIES})
. - person squareskittles   schedule 15.04.2020${NetCDF_LIBRARIES}
этоnetcdf
, видимо. Возможно, проблема в моем FindNetCDF.cmake, хотя похоже, что файл из vtk довольно хорошо используется. - person Laxsnor   schedule 15.04.2020FindNetCDF.cmake
скрипт сfind_package(netCDF CONFIG QUIET)
строкой. Насколько я понимаю, netCDF внутренне связан сhdf5
, и эта связь становится частью скриптаnetCDFConfig.cmake
. Однако в скрипте не хватает строкиfind_dependency(HDF5)
. Добавьте эту строку в скрипт, например. передinclude("${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/netCDFTargets.cmake")
строкой. - person Tsyvarev   schedule 15.04.2020netCDFConfig.cmake
скрипт для редактирования, откройтеCMakeCache.txt
файл в каталоге сборки и найдите в нем переменнуюnetCDF_DIR
. Значением этой переменной является каталог сnetCDFConfig.cmake
скриптом. - person Tsyvarev   schedule 15.04.2020find_package(HDF5 REQUIRED)
в вашCMakeLists.txt
и посмотреть, что произойдет. - person Tsyvarev   schedule 15.04.2020find_package(HDF5 REQUIRED)
, я получаю новую ошибку, а именно, что теперь не может найтиThreads::Threads
. Я сейчас тоже копаюсь в сценарииnetCDFConfig.cmake
. - person Laxsnor   schedule 15.04.2020find_package(HDF5 REQUIRED)
иfind_package(Threads REQUIRED)
сработало; если вы напишите это как ответ, я был бы рад принять. Я думаю, это действительно показывает проблемы с включением библиотек Anaconda в ваш путь. - person Laxsnor   schedule 15.04.2020