Обновление массива поддокументов Mongoose

Сначала вы извлекаете документ, затем вы можете нажать like(doc.push(data)) затем doc.save()

здесь члены поддокумента в клубе взгляните на это. это точно решит проблему

router.post("/update", verify, async (req, res) => {
      Club.findOneAndUpdate(
        {
          _id: req.club._id,
          "Members.name": req.club.Mem_Name,
        },
        {
          $set: {
            "Members.$.email": req.body.email,
            "Members.$.phonenumber": req.body.phonenumber,
            "Members.$.graduationyear": req.body.graduationyear,
            "Members.$.reg": req.body.reg,
          },
        },
        { multi: true },
        (err, doc) => {
          if (err) console.log(err);
          else res.json(doc);
        }
      );
    });