Выберите несколько фильтров, отображайте только те маркеры, которые имеют общие функции

Предположим, что это упрощенная версия вашего набора данных, например. GeoJSON FeatureCollection, содержащий точки для клиник/отделений в больницах, где две (или более) клиники, относящиеся к одной и той же больнице, занимают одну и ту же позицию:

let clinics = {
  "type": "FeatureCollection",
  "features": [
    {
      "type": "Feature",
      "properties": { "clinic": "cardio", "phone": "11 22 33 44 55" },
      "geometry": {
         "type": "Point", "coordinates": [5.74, 45.20]
      }
    },
    {
      "type": "Feature",
      "properties": { "clinic": "trauma", "phone": "66 77 88 99 00" },
      "geometry": {
         "type": "Point", "coordinates": [5.74, 45.20]
      }
    },
    {
      "type": "Feature",
      "properties": { "clinic": "neuro", "phone": "77 66 55 44 33" },
      "geometry": {
         "type": "Point", "coordinates": [6.12, 43.88]
      }
    } 
  ]
};

Мой подход состоял бы в том, чтобы вручную пройтись по указанному GeoJSON FeatureCollection, индексируя точечные объекты на основе их координат и объединяя их свойства в массив, например:

let clinicsByPosition = {};

for (let clinic of clinics.features) {
  // Let the index be the string representation of the coordinates array;
  // this is probably inefficient, but will suffice.
  // Note there are no sanity checks performed here (e.g. checking geometry type)
  let idx = clinic.geometry.coordinates.toString();

  // Does clinicsByPosition already have something in that index?
  if (clinicsByPosition[idx] === undefined) {
    // Create a new feature in that index
    // Initialize the properties of that new feature to an array with
    // one element, the properties of the clinic, and same geometry
    // than the clinic.
    clinicsByPosition[idx] = { 
      type: "Feature", 
      geometry: clinic.geometry, 
      properties: [clinic.properties]
    }
  } else {
    // Add the properties of the clinic to the already existing indexed
    // feature
    clinicsByPosition[idx].properties.push(clinic.properties);
  }
}

// Second pass: convert the "clinicsByPosition" data structure 
// into a GeoJSON FeatureCollection
let hospitals = {
  type:'FeatureCollection',
  features: []
}

for (let indexedClinicSet of Object.values(clinicsByPosition)) {
  hospitals.features.push(indexedClinicSet)
}

После этого преобразования совокупный набор данных будет выглядеть так:

let hospitals = {
  type: "FeatureCollection",
  features: [
    {
      type: "Feature",
      geometry: { type: "Point", coordinates: [5.74, 45.2] },
      properties: [
        { clinic: "cardio", phone: "11 22 33 44 55" },
        { clinic: "trauma", phone: "66 77 88 99 00" },
      ],
    },
    {
      type: "Feature",
      geometry: { type: "Point", coordinates: [6.12, 43.88] },
      properties: [{ clinic: "neuro", phone: "77 66 55 44 33" }],
    },
  ],
};

Давайте поместим это в Leaflet с несколькими информативными всплывающими окнами:

var hospitals = L.geoJson(hospitalsData,{
    onEachFeature: function(feat, marker) {
        // For this example, let the contents of the popup of a hospital marker
        // to be a concatenation of the data for all clinics in that hospital
        marker.bindPopup(feat.properties.map(function(clinicData){
            return clinicData.clinic + " - tlf " + clinicData.phone
        }).join("<br>"))
    }
}).addTo(map);

рабочий пример с этим выглядит не так уж плохо:

Теперь должно быть ясно, что существует только один объект для каждого набора клиник с одними и теми же координатами.

Фильтрация теперь может быть сделана (ИМХО) разумным способом. Прокрутите маркеры больниц в экземпляре L.GeoJSON и просмотрите свойства каждого связанного объекта, чтобы увидеть, выполняется ли условие видимости для любого его компонента, например:

function recalculateHospitalVisibility(){
    var cardioVisible = document.getElementById('cardio').checked;
    var traumaVisible = document.getElementById('trauma').checked;
    var neuroVisible = document.getElementById('neuro').checked;

    hospitals.eachLayer(function (marker) {
        // See https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Array/some
        if (
            marker.feature.properties.some(function (clinic) {
                return (
                    (clinic.clinic === "cardio" && cardioVisible) ||
                    (clinic.clinic === "trauma" && traumaVisible) ||
                    (clinic.clinic === "neuro" && neuroVisible)
                );
            })
        ) {
            marker.addTo(map);
        } else {
            marker.remove();
        }
    });
}

Рабочий пример здесь. Даже если код может выглядеть немного запутанным, данные примера упрощены (так что мой немедицинский мозг может работать с ними лучше), использование итераторов и структур данных немного тяжелое, и возможны оптимизации, это должно вам помочь. на ходу.