Инструмент регистрации Flirt для МРТ головного мозга дает невероятные результаты

У меня есть МРТ головного мозга, которая содержит срезы этого согнутого угла:

введите здесь описание изображения

Я играл с инструментом регистрации для МРТ головного мозга под названием Флирт. Код доступен также для Python.

Я попытался использовать в качестве эталона МРТ МРТ головного мозга, сделанную у другого пациента и с другим углом наклона. Вот фрагмент этого МРТ (все файлы в формате nifti):

введите здесь описание изображения

И вот, волшебство произошло. Предоставление первой МРТ в качестве входных данных для инструмента регистрации, а этой последней МРТ в качестве эталонной МРТ.

введите здесь описание изображения

результатом является то, что выход инструмента регистрации (Flirt) представляет собой МРТ, где срезы имеют такой угол:

введите здесь описание изображения

Таким образом, кажется, что инструмент регистрации извлек ангуляцию эталонной МРТ из входной МРТ. Это невероятно. Как это возможно ?


python registration neuroscience nifti mri
person Paolorossi    schedule 30.05.2020    source источник
comment
Добро пожаловать в Stack Overflow! Пройдите тур и прочитайте Как Спросите. Пожалуйста, отредактируйте сообщение, указав свои усилия по решению этой проблемы. Последнее предпочтительно в коде, это называется минимально воспроизводимым примером.   -  person Bilal    schedule 31.05.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Какую оболочку вы используете для преобразования изображения dicom? Оболочка dcm2niix автоматически применит преобразование для правильной ориентации. Flirt — мощный инструмент, который отлично выполняет регистрацию. Многие конвейеры предварительной обработки, такие как fmriprep, уже используют его. Меня интересует, как он смог учесть наклон изображения. Посмотрите на страницу использования здесь https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FLIRT/UserGuide ничего не видит об этом с учетом угла. Интересно, это просто наложение активации в каждом вокселе на шаблон MNI. Хорошим тестом было бы сначала сориентировать nifti-изображение, а затем снова просмотреть его.
Вы можете создать маску для неориентированного и ориентированного изображения, провести ее и использовать программу парцелляции для проверки количества вокселей в конкретный ROI, чтобы увидеть, одинаковы ли они для обеих масок.

Мне интересно посмотреть, что вы найдете!

person skebaas    schedule 06.07.2020