Можно ли выбрать, какое предупреждение Doxygen показывать?

Я не думаю, что это возможно, кроме как написать собственный постпроцессор для фильтрации вывода doxygen. В вашем случае это не должно быть слишком сложно, достаточно простого grep:

doxygen <config_file> | grep -v "warning: Compound .* is not documented"

Я не совсем уверен, почему doxygen не предоставляет эту функцию: возможно, для этого потребуется слишком много опций или более сложные опции. Другая возможность заключается в том, что они предположили, что, поскольку вы хотите получать предупреждения, когда что-то не задокументировано, не должно быть никаких исключений, за исключением случаев, когда это явно указано в исходном коде (например, с использованием \cond и \endcond), с обоснованием того, что такого рода упущения следует решать только в каждом конкретном случае. Или, возможно, никто никогда не просил их включить эту функцию: не стесняйтесь заполнять запрос функции.

Я думаю, что вы ищете команды if, ifnot и endif. Просто выберите подходящий ярлык, а затем используйте правильный тег. Бывший.:

/*
* \if DISPLAY_COMPOUND
* Compound doc.
* ...
* \endif
*/

doxygen оценит, знает ли он об этой метке, и если нет, он проигнорирует любой комментарий до команды \endif в том же блоке комментариев.

Затем вам нужно определить (или нет) эту метку в вашем doxyfile в ENABLED_SECTIONS.

#comment the next line if you don't want to document Compound
ENABLED_SECTIONS = DISPLAY_COMPOUND

Взгляните также на команды \cond и \endcond, которые похожи, но не совсем одинаковы (они включают или отключают целые разделы файла, а не только один блок комментариев).

Вы можете отключить предупреждения в конфигурации doxygen. См. здесь: документацию по doxygen

Мой любимый вариант: WARN_IF_UNDOCUMENTED = NO