Я использую Ubuntu 10.04 и Perl 5.10.1. В пакете BioPerl есть несколько хороших скриптов, таких как bp_genbank2gff3.pl, который конвертирует файлы из формата genbank в формат GFF3. Проблема: я получаю неожиданные результаты при использовании...

Я пытаюсь загрузить файл последовательности из базы данных банка генов с помощью Perl, но он показывает ошибку. У меня нет руководства по исправлению моей программы. Кто-нибудь может мне с этим помочь? Ошибка в строке 6 ( use Bio::DB::GenBank; )...

Я использовал модуль Bio::DB::EntrezGene из BioPerl , чтобы получить имена генов Entrez с числовым идентификатором. Это работало нормально в течение нескольких месяцев, и совсем недавно, две недели назад. Однако в последнее время он...

У меня есть следующий файл fasta: '>gi|277456704|dbj|ID_P|Gene name LLL MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKV YRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFG...

Я пытаюсь подключиться к Ensembl API, используя следующий код Perl: #!/bin/perl use Bio::EnsEMBL::Registry; use DBI qw(:sql_types); my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry'; $registry->load_registry_from_db( -host...

По сути, файл GenBank состоит из записей генов (объявленных «геном», за которым следует соответствующая запись «CDS» (только одна для каждого гена), как две, которые я показываю здесь ниже. Я хотел бы получить locus_tag против продукта в разделенном...

Я написал программу на Perl, чтобы найти процентное содержание GC в данной строке ДНК. Но программа выполняет ситуацию с ошибкой (другая часть условного оператора) $dna = "AGTC"; $a = 0; $g = 0; $t = 0; $c = 0; for ($p = 0; p < length $dna;...

Я пытаюсь установить пакет Bioperl в среде Perl версии 5.20.0, но не могу получить доступ к материалам. Идея и предложение веб-сайтов различаются, и это будет непросто для меня. Пожалуйста, предложите мне протоколы для установки Bioperl в Ubuntu...

Мне нужен Perl-скрипт для конкатенации строки. У меня есть более 1000 названий генов (>pmpI) и их функции (полиморфный белок наружной мембраны), они находятся в отдельной строке, и я хочу объединить функцию гена рядом с названием гена, чтобы в...