ОБНОВЛЕНИЕ: решено, вроде. Я потратил некоторое время на изучение ogr2ogr и topojson и сделал топожсон, который прекрасно работает в D3. Я не уверен, почему файл, выложенный mapshaper.org, превратился в осколки в моих руках; на их сайте файл...