Вопросы по теме 'nlme'

Подгонка повторных измерений в R
Подгонка повторяющихся мер в R, проблемы сходимости. У меня есть следующая подгонка, которая является одним из многих наборов данных, и она не сходится. Я делаю другие наборы, которые делают. Этот набор данных и модель работают в SAS... Могу ли я...
4164 просмотров
r nlme measures
schedule 06.12.2022
nlme: неправильные имена факторов с NA?
По сути, я запускаю nlme::lme с отсутствующим значением. Модель прекрасно сочетается с na.action=na.omit , но почему имена подгонки/остатков/коэффициента кажутся сдвинутыми на строку? ## Generate data --------------------- X1=gl(2,4)...
163 просмотров
r missing-data nlme
schedule 15.03.2023
lme приводит к сбою Rstudio и зависанию компьютера после увеличения лимита памяти
Я работаю с набором данных из 205 наблюдений и двух независимых переменных: site (два уровня) и strain (21 уровень). Я пытаюсь подогнать смешанную модель к данным, когда напряжение является фиксированной переменной. эксперимент несбалансирован...
927 просмотров
r memory-management mixed-models nlme
schedule 02.12.2023
Как получить стандартные ошибки случайных эффектов в lme?
Если я исправлю линейную модель смешанных эффектов, используя lme R из пакета nlme , как мне получить стандартные ошибки оценок случайных эффектов? Например, если lme дает следующие результаты: null.model <- lme(fixed = fev1 ~ 1, data =...
1523 просмотров
r nlme
schedule 03.09.2022
не удается загрузить пакетный автомобиль, неправильная версия nlme
Когда я пытаюсь загрузить пакет "автомобиль", я получаю эту ошибку: library(car) Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : namespace 'nlme' 3.1-122 is already loaded, but >= 3.1.123 is...
4576 просмотров
r nlme r-car
schedule 20.12.2022
Прогнозы случайного эффекта из-за ошибки гамма-модели: невозможно оценить группы для желаемых уровней в «новых данных».
Я пытаюсь сгенерировать прогнозы из модели gamm (из пакета mgcv ), используя аргумент newdata . Я хотел бы сделать прогнозы для lme части модели, чтобы прогнозы включали случайные эффекты. Однако я сталкиваюсь с проблемами, я думаю, из-за...
955 просмотров
r gam mgcv nlme
schedule 03.11.2022
Как регрессионные модели работают с факторными переменными?
Предположим, у меня есть данные с фактором и переменной ответа. Мои вопросы: Как модели линейной регрессии и смешанных эффектов работают с факторными переменными? Если у меня есть отдельная модель для каждого уровня факторной переменной (m3...
1721 просмотров
r regression lm mixed-models nlme
schedule 30.09.2022
Указание непрерывной ковариаты - R
Я хочу определить дифференциальную экспрессию генов с возрастом. Я хотел бы сделать это с помощью линейной смешанной модели с указанием возраста как непрерывной ковариации. Экспрессия генов происходит из разных тканей. Ткань действует как...
164 просмотров
r mixed-models nlme
schedule 09.04.2024
Пользовательская функция для модели lme подходит: ошибка
Я начинаю писать функцию, которая строит линейные смешанные модели с nlme . Я столкнулся с ошибкой: Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'value' not found , которая, как мне кажется, связана с тем, что R не знает, где найти переменные фрейма...
191 просмотров
r nlme
schedule 10.05.2024
R: проверка предположений модели с помощью nlme
library(nlme) fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc), data = Loblolly, fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1, start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3)) Я подгоняю...
916 просмотров
r diagnostics nlme
schedule 10.02.2023
Критерий хи-квадрата Вальда между двумя переменными в одной модели смешанного эффекта в r
Я пытался закончить домашнюю работу по продольному анализу данных. вопрос состоит в том, чтобы сравнить разницу в поперечном и лонгитюдном эффектах возраста (исходное поперечное сечение: базовый возраст, лонгитюдный возраст: изменение возраста) в...
985 просмотров
r mixed-models longitudinal nlme
schedule 24.06.2023
Функция predic () для объекта segmented.lme ()
Ранее я проводил анализ смешанных моделей с помощью glmer () в пакете lme4. Я применил функции dredge () и get.models () в пакете MuMIn для количественной оценки top.models. Затем я использовал подход model.avg () в пакете MuMIn для создания...
942 просмотров
r threshold predict mixed-models nlme
schedule 17.07.2022
Прогноз.gls не работает, когда пакет MuMin установлен в R
Я получаю сообщение об ошибке при использовании predic.gls, когда установлен пакет MuMIn. Следующее (Пример 1) работает: ### EX. 1 library(nlme) # example code from https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/nlme/html/predict.gls.html...
205 просмотров
r predict nlme mumin
schedule 11.03.2023
Каков наиболее подходящий метод для контрастов в lme (nlme)?
У меня есть вопрос относительно проведения апостериорных контрастов в смешанной модели GLMM. По сути, мои данные представляют собой ряд переменных ответа с фиксированными факторами «Тип субъекта» (три типа субъектов), «Лечение» (четыре метода...
3203 просмотров
r nlme posthoc lsmeans tukey
schedule 28.04.2023
нелинейная смешанная модель без указания групповой структуры
Я пытаюсь подогнать под очень простую нелинейную смешанную модель (кривая Гомперца) без какой-либо иерархической структуры (просто повторяющиеся измерения). Сначала я хочу попробовать только с фиксированными, а затем со случайными эффектами. Это...
308 просмотров
r lme4 nlme non-linear-regression
schedule 06.05.2022
Переход от SPSS к R: определение модели с двумя точками пересечения в gls со случайным эффектом и повторяющимся измерением
Я новичок в R и пытаюсь воспроизвести результаты своих анализов SPSS, но, похоже, чего-то не хватает. Я пытаюсь запустить линейную модель смешанных эффектов, используя gls в пакете nlme. Я пытаюсь воспроизвести синтаксис SPSS: MIXED...
74 просмотров
r spss nlme
schedule 17.01.2024
Могу ли я использовать emmeans с моделью LME?
Я использую модель LME, определенную как: mod4.lme <- lme(pRNFL ~ Init.Age + Status + I(Time^2), random= ~1|Patient/EyeID,data = long1, na.action = na.omit) Результат: > summary(mod4.lme) Linear mixed-effects model fit by REML...
1705 просмотров
r emmeans nlme
schedule 18.12.2022
аппроксимация уравнения первого порядка с помощью nlme и lsoda
Я пытаюсь приспособить дифференциальную модель первого порядка, используя nlme и lsoda . Вот основная идея: сначала я определяю функцию, позволяющую генерировать решение дифференциального уравнения: library(deSolve) ODE1 <- function(time,...
234 просмотров
r nls nlme ode
schedule 23.06.2023
Как получить прогнозы в NLME на правильном уровне вместо NA?
У меня есть простой эксперимент (вот некоторые выдуманные данные) с 3 местоположениями («loc»), блоками внутри местоположений («блок»), набором из 8 процедур («лечение») и переменной ответа («ответ» ).Экспоненциальная функция плато была адаптирована...
163 просмотров
r nlme
schedule 13.08.2022
указать разные случайные структуры для подмножеств в одной и той же смешанной модели?
Я хотел бы создать метамодель, используя данные из разных экспериментов с разными блокирующими структурами. Для этого мне нужно указать другую структуру блокировки (структуру случайных эффектов) для данных из каждого эксперимента в рамках одной и той...
59 просмотров
r lme4 mixed-models nlme
schedule 22.07.2022