Вопросы по теме 'snakemake'
snakemake: есть ли способ указать выходной каталог для каждого правила?
Все сценарии, которые я использовал, помещают выходные файлы в текущий каталог, из которого был вызван сценарий, поэтому в моем конвейере сценариев оболочки у меня были бы команды cd для перехода в конкретный каталог для выполнения команд, а выходные...
4377 просмотров
schedule
14.08.2022
Как получить путь к рабочему каталогу?
Мне интересно, как управлять путями в моих Snakefiles. Скажем, у меня есть эта конфигурация:
current_dir
current_dir/snakefiles
current_dir/configfiles
и я выполняю свои рабочие процессы следующим образом:
current_dir$ snakemake -s...
1555 просмотров
schedule
04.12.2022
Подпроцесс: не удается неявно преобразовать объект _io.BufferedReader в str
Я работаю над написанием скрипта, который представляет собой комбинацию кода snakemake и python для автоматизации большого количества файлов, которые поставляются в паре. Точнее, я работаю над согласованием чтения с BWA MEM с парными конечными...
2668 просмотров
schedule
06.08.2023
«Нет значений для ошибки с подстановочными знаками» в змейке
Я пытаюсь создать простой конвейер, используя змейку, чтобы загрузить два файла из Интернета, а затем объединить их в один вывод.
Я думал, что сработает следующий код:
dwn_lnks = {
'1':...
1384 просмотров
schedule
05.06.2022
Snakemake - переопределить конфигурацию кластера LSF (bsub) в соответствии с правилами
Можно ли определить параметры по умолчанию для памяти и ресурсов в файле конфигурации кластера, а затем при необходимости переопределить их в соответствии с конкретным правилом? Привязано ли поле resources в правилах напрямую к файлу конфигурации...
400 просмотров
schedule
25.08.2023
Snakemake: Как сохранить и получить доступ к деталям образца в файле config.yml?
Может ли кто-нибудь помочь мне понять, можно ли получить доступ к деталям образца из файла config.yml, когда имена образцов не записаны в рабочем процессе snakemake? Это сделано для того, чтобы я мог повторно использовать рабочий процесс для разных...
1252 просмотров
schedule
27.06.2022
Использование нескольких имен файлов в качестве подстановочных знаков в Snakemake
Я пытаюсь создать правило для реализации bedtools в snakemake , которое будет closest файлом с кучей файлов в другом каталоге.
У меня есть в каталоге /home/bedfiles 20 файлов кровати:
1A.bed , 2B_83.bed , 3f_33.bed ...
Я хочу, чтобы...
1521 просмотров
schedule
26.04.2022
Используйте разные команды оболочки в зависимости от имени входного файла
Я пытаюсь выровнять данные RNA-seq с помощью Salmon, однако, поскольку я работаю с различными линиями мышей, требуемый индекс генома будет зависеть от линии мыши. Я сохраняю эту информацию в имени файла, поэтому идея состоит в том, что если входной...
266 просмотров
schedule
14.04.2022
Возможна реализация динамического приоритета правил на основе количества входов? (создание змеи)
В моем графике рабочего процесса я объединяю один или несколько входных файлов на основе суффикса. В случаях, когда для данного суффикса существует только один файл, операция слияния тривиальна и может выполняться локально. В случае, если существует...
86 просмотров
schedule
12.04.2022
Snakemake: ошибка при попытке создать несколько выходных файлов
Я пишу конвейер snakemake, чтобы взять общедоступные файлы sra, преобразовать их в файлы fastq, а затем запустить их через выравнивание, пиковый вызов и регрессию оценки LD.
У меня проблема в правиле под названием SRA2fastq ниже, в котором я...
1273 просмотров
schedule
12.09.2022
Синтаксис Snakemake и pandas
У меня есть входной файл, как показано ниже
SampleName Run Read1 Read2
A run1 test/true_data/4k_R1.fq test/true_data/4k_R2.fq
A run2 test/samples/A.fastq test/samples/A2.fastq
B run1 test/samples/B.fastq test/samples/B2.fastq
C run1...
551 просмотров
schedule
22.04.2022
Арифметика для подстановочных знаков потоков в определении правила
В моем рабочем процессе у меня есть две многопоточные программы, которые я объединяю. См. определение правила из моего файла Snakemake ниже.
rule do_the_thing:
input: 'input.dat'
output: 'output.dat'
threads: 16
shell: 'cmd1...
171 просмотров
schedule
15.09.2022
RSeQC с multiQC и snakemake
Я хочу включить результаты RSeQC с помощью multiQC в рабочие процессы snakemake . У меня проблема в том, что один из инструментов RSeQC сообщает только .r и .pdf, в то время как кажется, что multiQC требует ввода .txt для создания графика....
475 просмотров
schedule
07.11.2022
Snakemake Использование расширять со словарем
Пишу это правило:
rule process_files:
input:
dataout=expand("{{dataset}}/{{sample}}.{{ref}}.{{state}}.{{case}}.myresult.{name}.tsv", name=my_list[wildcards.ref])
output:...
1402 просмотров
schedule
05.09.2023
Проблема с модулем snakemake STAR и дополнительный вопрос
Я обнаружил, что модуль snakemake STAR выводит как ' БАМ Несортированный ».
Q1: есть ли способ изменить это на:
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate
Когда я добавляю опцию в «дополнительные» опции, я получаю сообщение об ошибке о...
140 просмотров
schedule
19.05.2022
snakemake: среды conda не активированы в кластере SGE
Я запускаю snakemake в кластере SGE, и у меня возникают проблемы с отправкой заданий, связанных с активацией среды conda. Задания запускаются, и я получаю сообщение «Активация среды conda». Но затем они продолжают работать вечно, ничего не делая и...
408 просмотров
schedule
12.07.2023
Любопытный случай создания змеи
У меня такая же цель, как и в Snakemake: неизвестные выходные / входные файлы однако после расщепления по хромосомам , как уже указывалось, я заранее знаю, что у меня есть например , 5 хромосом в моем sample.bam файле. На примере игрушки:
$...
81 просмотров
schedule
31.07.2022
Правило Snakemake для записи нового текстового файла из входных переменных (синтаксис Snakemake)
У меня есть полностью функциональный рабочий процесс Snakemake, но я хотел бы добавить правило, в котором входные переменные записываются как новые строки во вновь созданном текстовом файле вывода. Чтобы кратко подвести итог, я включил...
364 просмотров
schedule
29.03.2023
Как определить неисправное правило в onerror?
Я использую змейку для некоторой автоматизации, и у меня возник вопрос об определении того, какое правило не работает при вызове onerror.
Я пробовал перебирать правила, чтобы определить, какие выходы не существуют, но правила упорядочены...
132 просмотров
schedule
16.01.2023
snakemake: как реализовать директиву журнала при использовании директивы запуска?
Snakemake позволяет создавать журнал для каждого правила с параметром log , который указывает имя файла журнала. Относительно просто передать результаты из вывода shell в этот журнал, но я не могу понять, как записать в журнал вывод вывода run...
624 просмотров
schedule
28.05.2022
