Вопросы по теме 'sungridengine'
получить доступ к файлу в python, созданному из SunGridEngine
У меня есть скрипт на Python, который отправляет задание в SGE (Sun Grid Engine). Когда задание выполнено, я хочу получить доступ к выходному файлу, сгенерированному заданием SGE. я вижу с "ls" в каталоге, что файл уже существует, и работа...
49 просмотров
schedule
15.09.2023
SGE: параллельная среда для многопоточного Java-кода
Я написал многопоточный код Java, который при запуске создает 8 потоков, и вычисления продолжаются в этих потоках. Я хотел бы отправить это задание в кластер SGE, но не уверен, какую параллельную среду ( pe ) выбрать? или я должен создать один? Я...
2748 просмотров
schedule
05.08.2022
Запустить скрипт по завершении задания sge
Я использую версию Sun Grid Engine 6.2u5. где требование - когда я отправляю задание с использованием команды qsub при завершении задания, я хочу запустить какой-то скрипт (скрипты bash).
как я могу использовать опцию -notify или любой другой...
1188 просмотров
schedule
01.06.2024
python sge API отправляет на конкретный узел
Я пытаюсь использовать свою программу с кластером. Теперь я создаю небольшие задания и отправляю их на определенные узлы с помощью сценария bash. Эти задания копируют большой файл на узел, выполняют 5 других программ в этом файле и, в конце концов,...
457 просмотров
schedule
10.06.2022
Может ли нагрузка в узле SGE превышать количество процессоров?
Я выполняю задание в кластере Sun Grid Engine (теперь известном как Oracle Grid Engine). Чтобы увидеть, не замедляется ли моя работа из-за перегрузки узла, я попытался проверить состояние узла:
$ qstat -l hostname=hnode03 -f
queuename...
3829 просмотров
schedule
05.04.2023
Синтаксис для отправки задания qsub без фактического файла задания?
Я хотел бы отправлять задания qsub на лету, не создавая отдельные файлы заданий. Итак, скажем, у меня есть скрипт на Python под названием «get_time.py», который просто сообщает время. Вместо того, чтобы делать скрипт отправки следующим образом:...
6308 просмотров
schedule
28.01.2023
Запуск параллельных заданий
Я работаю над титановым кластером, состоящим из 464 блейд-систем HP, двух головных узлов и виртуализированного пула узлов входа (отправки). Каждый узел имеет восемь ядер (два четырехъядерных процессора) и либо 16 ГБ (430 узлов), либо 32 ГБ (34 узла)...
871 просмотров
schedule
20.12.2022
Одноядерные задания SGE с низким приоритетом, предотвращающие многоядерные задания
Я запускаю SGE (6.2u5p2) на нашем кластере beowulf. У меня есть пара пользователей, которые отправляют десятки тысяч коротких (‹15 минут) заданий с низким приоритетом (т. е. они устанавливают для заданий низкий приоритет, чтобы любой мог опередить...
285 просмотров
schedule
16.03.2023
TopHat не смог найти индексные файлы бабочки, хотя путь указан правильно
Я сгенерировал файлы индекса бабочки, используя бабочку-индекс в скрипте bash следующим образом:
bowtie-build $FA_FILE $OUTPUT_BASE
(скрипт можно найти здесь: https://github.com/kennethphough/bioinformatics/blob/master/sge/sge_build_index )...
1725 просмотров
schedule
20.07.2023
SGE: задания застряли в состоянии qw
Я пытаюсь отправить работу в SGE. Это работало для меня таким же образом в прошлом. Теперь вместо этого все задания застревают в состоянии qw.
Вывод "qstat -g c":
> CLUSTER QUEUE CQLOAD USED AVAIL TOTAL
> all.q 0.38...
7759 просмотров
schedule
27.05.2022
Как запустить несколько разных Rscripts в кластере SGE
Я пытаюсь запустить разные сценарии Rscript в кластере SGE, каждый Rscript изменяется только на одну переменную (например, рак ‹- «UVM» или «ACC» и т. д.).
Я пробовал два способа: либо запустить Single Rscript, который получает аргументы командной...
151 просмотров
schedule
31.07.2022
Что SGE подразумевает под положительным приоритетом отправки, требующим привилегий оператора?
Я относительно новичок в SGE и сталкиваюсь с этой ошибкой, когда пытаюсь запустить задания:
«Сообщение о системной ошибке: невозможно запустить задание: задание отклонено: для положительного приоритета отправки требуются права оператора».
Я...
881 просмотров
schedule
16.12.2022
Заставляем Julia SharedArrays хорошо работать с Sun Grid Engine
Я пытался заставить программу Julia правильно работать в среде SGE с SharedArray s. Я прочитал несколько тем о Джулии и SGE, но большинство из них, похоже, имеют дело с MPI. Функция bind_pe_procs() из this Gist, похоже, правильно связывает...
203 просмотров
schedule
26.09.2022
QSUB: укажите выходные файлы и файлы ошибок для каждой задачи в массиве заданий.
Будем надеяться, что это не дубликат и проблема не только в конфигурации нашего кластера...
Я отправляю массив заданий в кластер, используя qsub со следующей командой:
qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_$SGE_TASK_ID...
4054 просмотров
schedule
04.06.2022
Проверка вывода из qsub: Кластер Sungrid
есть ли способ проверить вывод отправленного задания. Выходные файлы записываются с довольно большой задержкой, поэтому я хочу видеть, что с ними происходит что-то не так.
Я видел, что для PBS была опция -k oe для прямой записи вывода qsub в...
465 просмотров
schedule
12.12.2022
Заставить оболочку использовать python из переменной conda в движке SunGrid
Я пытаюсь выполнить файл python в движке SunGrid и запускаю его из переменной среды anaconda3.
мой код прост:
from __future__ import print_function
import urllib3
import numpy as np
if __name__ == '__main__':
print('Hellooo')
Я...
541 просмотров
schedule
26.12.2022
