Публикации по теме 'vegan'
Прогнозирование цены на мясные запасы с использованием случайного леса в Python
В этом посте мы будем прогнозировать цену запаса Beyond Meat, используя случайный лес. Компания Beyond Meat, производитель заменителей мяса на растительной основе, была основана Итаном Брауном в Лос-Анджелесе в 2009 году.
Первое, что мы можем сделать, это импортировать необходимые библиотеки. Мы будем использовать yahoo financial API, seaborn, matplotlib, pandas, numpy и sklearn:
import yfinance as yf
import seaborn as sns
import numpy as np
import pandas as pd
from..
Вопросы по теме 'vegan'
Проблемы с выводом CCA
Так что помощь будет очень признательна!
Я уже завершил график CCA, на котором показаны 7 участков, около 15 видов и 6 переменных окружающей среды. Однако в нем говорится, что неограниченная ось равна 0, и я не могу выполнить ANOVA по своим...
251 просмотров
schedule
31.07.2022
как интерпретировать веганский продукт cca
Я выполнил канонический анализ соответствия в R, используя веганский пакет, но мне очень трудно понять результат. Триплот понятен, но все числа, которые я получаю из резюме (cca), сбивают меня с толку (так как я только начал изучать методы...
9410 просмотров
schedule
27.12.2022
построение переменных прокрустного анализа в r?
Я выполнил неметрическое многомерное масштабирование (NMDS) для двух фреймов данных, каждый из которых содержит разные переменные, но для одних и тех же сайтов. Я использую веганский пакет:
> head (ResponsesS3)
R1_S3 R10_S3 R11_S3 R12_S3...
2223 просмотров
schedule
11.06.2023
частичная RDA на основе расстояния - Центроиды исчезли с графика
Я пытаюсь создать частичный db-RDA с field.ID, чтобы исправить характер повторных измерений образцов. Однако включение Condition (field.ID) приводит к исчезновению центроидов основного интересующего фактора с графика (левый график ниже).
План: 12...
362 просмотров
schedule
02.07.2023
Проецирование данных о видах за последующие годы на ординацию PCA
Я провожу PCA по данным о видах, преобразованных Хеллингером, для нескольких участков за один год (например, 1995 г.). Я хочу рассчитать баллы по тем же участкам в следующем году (1996 г.), проецируя данные за 1996 г. на ординацию PCA, построенную на...
135 просмотров
schedule
20.07.2023
Пустой фрейм данных при вычислении данных эллипса с помощью веганского ordiellipse для ggplot
Я пытаюсь сгруппировать точки данных NMDS в ggplot, добавляя эллипсы с помощью функции ordiellipse , следуя полезным советам из это сообщение . Однако, хотя я не получаю никаких сообщений об ошибках или предупреждений, вычисление данных эллипса...
98 просмотров
schedule
27.01.2023
Как мне переформатировать мою матрицу, чтобы я не потерял имя заголовка в R
У меня есть таблица с относительной численностью видов по годам (1999: 2014) и субрегионам (1: 4). Я использую пакет FD для вычисления функционального разнообразия с помощью функции dbFD(x,a) , где «x» - это матрица признаков * видов, а «a» -...
59 просмотров
schedule
16.04.2022
ANOSIM (веган): ошибка в sort.int(x, na.last = na.last, уменьшение = уменьшение, ): 'x' должен быть атомарным
Я использую пакет vegan для R и пытаюсь выполнить ANOSIM , но постоянно получаю это сообщение об ошибке при выполнении summary() :
Error in sort.int(x, na.last = na.last, decreasing = decreasing, ...) :
'x' must be atomic
Все остальное...
121 просмотров
schedule
07.09.2022
Совместные графики с векторами из подмножества данных
Я создаю графики ординации NMDS на основе данных сообщества, используя пакет R, веганский, и хочу включить векторы (то есть стрелки из исходной точки), длина которых соответствует важности выбранных видов. Как я могу ограничить отображаемые стрелки...
188 просмотров
schedule
06.06.2023
Vegan: Важные оси в RDA
У меня есть кадр данных фитоценологических отчетов:
строки представляют сайты
столбцы представляют виды
Я запускаю на нем RDA, используя vegan функцию rda(matrix ~ 1) . Теперь у меня есть оси рукоположения summary(rda)$sites , но как...
405 просмотров
schedule
25.05.2022
Раскрашивание линий кривой разрежения по метаданным (веганский пакет) (пакет phyloseq)
Первый раз задающий вопрос здесь. Я не смог найти ответ на этот вопрос в других сообщениях (люблю stackexchange, кстати).
В любом случае... Я создаю кривую разрежения с помощью веганского пакета, и я получаю очень беспорядочный график с очень...
2602 просмотров
schedule
19.11.2022
Анализ частичного канонического соответствия в R
У меня возникли проблемы с проведением частичного анализа канонического соответствия (pCCA) в R. Данные, связанные с кодом, довольно обширны, поэтому я не могу включить их сюда.
Следующий код выдает ошибку под ним. В модели pCCA я пытаюсь учесть...
370 просмотров
schedule
04.05.2023
Преобразование данных сообщества в широкоформатный для веганского пакета
Я пытаюсь проанализировать некоторые данные сообщества с помощью пакета vegan . У меня есть данные в неправильном формате, и я ищу способы изменить формат. У меня есть что-то вроде этого:
Habitat Species Abundance
1...
1849 просмотров
schedule
23.11.2022
Визуализация переменных отклика на графике дендрограммы с иерархической кластеризацией
Я хотел бы безуспешно представить в дендрограмме иерархической кластеризации ответные переменные "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length" и "Petal.Width". Я делаю:
#Example with iris data set
library(vegan)
data(iris)
names(iris)
# [1]...
144 просмотров
schedule
22.11.2022
Как мне получить доступ к значению R в квадрате для всей модели, созданной веганской функцией envfit?
Я анализирую некоторые данные микробиома, используя неограниченную ординацию (PCA или NMDS) с последующей аппроксимацией вектора окружающей среды с помощью функции envfit в веганском пакете. Выходные данные envfit включают значение r2 для каждого...
215 просмотров
schedule
30.11.2022
Как добавить вектор в NMDS в R?
Я пытаюсь выяснить, влияет ли соленость на структуру сообщества беспозвоночных. Мне удалось создать свою NMDS, но каждый раз, когда я пытаюсь использовать ordiplot или envfit, возникают ошибки с неподходящим типом данных. Есть ли еще одна векторная...
272 просмотров
schedule
10.04.2022
Определение автотрансформации, применяемой с помощью metaMDS
Как определить тип преобразования, которое metaMDS применяет к данным моего сообщества, когда autotransform=TRUE ?
132 просмотров
schedule
28.04.2023
purrr :: map не перебирает группы при использовании веганской функции (poolacuum)
Я пытаюсь использовать purrr::map для итеративного сопоставления различных групп в рамках data.frame (например, летние и зимние исследования) и расчета индексов накопления видов по каждой группе (летом / зимой).
# Make some fake data
df <-...
31 просмотров
schedule
10.04.2022
Преобразуйте таблицу с данными о видах по участкам в числовую матрицу для vegan ::iversity ()
У меня есть данные в формате tibble, который выглядит следующим образом (с еще 22 строками и еще 7 столбцами):
reprex[1:10,1:7]
# A tibble: 10 x 7
# Groups: Point, Layer [10]
Point Layer Lari_deci Quer_rope Pinu_sylv Betu_pend Sorb_aucu...
87 просмотров
schedule
14.04.2022
