Публикации по теме 'bioinformatics'
Машинное обучение встречается с биологией (еще раз) или секвенированием одноклеточной РНК как поле для ...
За последнее десятилетие количество данных в биологии резко возросло, и, похоже, для этого нет предела, поскольку у нас есть все больше и больше секвенированных геномов, более глубокая экспрессия РНК и наборы данных эпигенетики. Отдельно отметим, что у нас есть блестящие примеры широкого использования машинного обучения для предсказания структуры белков и открытия лекарств. Теперь мы также можем изучать трехмерную организацию генома, которая позже может быть использована для понимания..
Применение алгоритмов машинного обучения в моделировании роли микробиома в колоректальном…
Введение: разработка структуры биоинформатики и обзор методологии
После семи лет интенсивной и самоотверженной исследовательской работы я завершаю этот год техническим вкладом в области прикладных биологических наук и биоинженерии . Работая с выдающейся группой микробиологов, биологов и ученых в области биоинформатики, мой инженерный вклад заключался в разработке и внедрении высокопроизводительных алгоритмов классификации машинного обучения для понимания механизма лекарственной..
Создание шагов анализа, часть протокола
Я заменил термин рабочий процесс на протокол . Мы провели некоторое время с Бураком , обсуждая правильную формулировку терминов, так что протокол кажется хорошим словом для описания набора шагов. Таким образом, шаг — это второе слово, определяющее набор скриптов bash, который начинается с категории данных и заканчивается категорией данных. Я думаю, что это делает вещи проще. Основываясь на моем предыдущем дизайне графического интерфейса Nextflow, Бурак реализует создание..
На этой неделе в TBP
Пара интересных статей по информатике для начала недели:
Биомаркеры стресса и беспокойства
"Бумага"
Растет интерес к пониманию биомаркеров (биологических сигналов, которые мы можем измерить) важных и более тонких расстройств, таких как тревога и депрессия. Эти исследователи взяли данные о проводимости кожи, частоте сердечных сокращений, вариабельности сердечного ритма и ЭЭГ у субъектов, которые находились под различными типами стрессоров.
Они были заинтересованы в классификации..
График де Брейна: геном
Обратите внимание, что это часть заметки, взятой из этого курса Coursera по алгоритму ДНК.
Проблема: при сборке генома нам дается набор прочтений, которые являются подстроками исходной последовательности, и наша цель — воссоздать исходную последовательность. Например. задано ATCG, TCGC, GCAA => ATCGCGCAA
Один из способов сделать это — предположить, что у нас есть все до единого k-меры (чтения длины k), взятые из чтения. Например. взятие всех 4-меров ATCGCGCAA дает ATCG, TCGC,..
Учебное пособие на основе глубокого обучения для ранних стадий открытия лекарств
Учебное пособие по DEEPScreen, основанному на глубоком обучении методу прогнозирования взаимодействия лекарств с целью, перепрофилирования лекарств и виртуального скрининга.
На ранних этапах открытия лекарств виртуальный скрининг, основанный на искусственном интеллекте/машинном обучении/глубоком обучении, стал важным инструментом [1]. В таком инструменте обученная модель используется для скрининга (тестирования)
каталог малых молекул для выявления потенциальных кандидатов в лекарства..
Великий подъем биоинформатики
Будучи студентом, я всегда глубоко ценил то, как технологические достижения могут произвести революцию во многих областях. С появлением больших данных и машинного обучения существует мост между бизнесом и реальными приложениями, который может стать новаторским во многих отношениях. В этой статье я стремлюсь углубиться в функциональную геномику и медицинскую информатику, поскольку они связаны с технологиями и самоописанием пациентов. Несмотря на сложные темы, которые я буду исследовать, я..
